Công ty Bảo Đảm An Toàn Hàng Hải II có hệ thống cảng phục vụ làm khu hậu cứ tập kết vật tư, nhân lực, phương tiện để thực hiện nhiệm vụ bảo đảm an toàn hàng hải. Các cảng này được đặt tại các vị trí thuận lợi về giao thông thủy. Hiện tại gồm các cảng chính là cảng Quy Nhơn, cảng Rạch Bà – Vũng Tàu, cảng Cần Thơ. Trong thời gian tới Công ty sẽ phát triển thêm một số cảng mới tại Nha Trang, Phú Mỹ, Đồng Nai…